Gegenüber der Ausgabe Black Box von 1990 enthält Black Box + auch noch eine Hexagonale-Variante, die noch deutlich anspruchsvoller als das Original ist.

Die Spieler haben unterschiedliche Aufgaben: ein Spieler (der Molekülbauer) markiert vier Felder in einem der Diagramme des Spielblocks. Der andere Spieler (der Forscher) versucht die Lage des Moleküls herauszufinden.